癫痫患者经常被头痛折磨，有些患者认为头痛是抗癫痫药导致的，而有一部分患者认为头痛是癫痫发作导致的，但事实上，癫痫和偏头痛可能是共存的。这两种慢性疾病有共同的特点。两者都是间歇发作的，而且一些相似的特点容易导致诊断混淆。
患一种疾病的患者看起来也很像是患了另一种疾病。同时患病率呈上升趋势，但两者也可以独立患病。两者都可在女性月经期前或月经期间加重。偏头痛发作可以触发癫痫发作。头痛也是癫痫发作时或发作后症状的一部分。

依据病历可以进行偏头痛与癫痫的鉴别诊断。在典型的偏头痛发作中，不会有意识丧失发生，约20%患者会有视觉先兆体验。偏头痛发作的开始是循序渐进的，其发作平均持续数小时。癫痫发作的开始是突然的，其发作仅持续数分钟。偏头痛脑电图常正常或表现为非特异性异常，而癫痫样异常则见于癫痫患者。
一些良性癫痫，如儿童中央顶区良性癫痫和儿童良性枕叶癫痫，与偏头痛相关。患有合并症的患者可选择对癫痫有效同时对偏头痛有预防作用的药物。丙戊酸钠、妥泰和加巴喷丁多被应用于两病并发。

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